Son cuatro los movimientos que forman parte de la pastoral de profundización del Colegio San Javier, uno por cada etapa formativa. Dependiendo de la etapa en la que el estudiante se encuentra, la participación en las experiencias y actividades ofrecidas, lo ayudan a madurar en su vida cristiana fortaleciendo progresivamente los pilares de la misma: la Fe, la Vida Comunitaria y el Servicio.
1ero-3ro Infancia Misionera
4to-6to MEI (Movimiento Eucarístico Ignaciano)
7mo-9no Horneros
1EMS-3EMS Castores