El colegio San Javier nació en 1954, a instancias del Párroco Padre Mario Rodríguez, quien pidió a los Jesuitas la instalación de un colegio de varones al servicio de la gente de campo y para cultivar la fe católica de la población.El P. Mario ya había «fundado» diez años antes, de modo similar, un colegio de niñas -el Jesús Sacramentado- a cargo de una congregación religiosa femenina.
La instalación del San Javier, desde el comienzo en el predio que actualmente ocupa, fue posible gracias a la ayuda de varias familias locales. Surgió como pupilado, al que progresivamente se sumaron alumnos «externos», hasta que en el año 1980 se cerró el pupilado. Desde el año 1977, el colegio había integrado alumnas, volviéndose un colegio mixto.
Por años los alumnos terminaban sus estudios en el Bachillerato del liceo público local; luego se instituyeron en el San Javier algunas opciones de Bachillerato, hasta que en el año 2003 se completaron todas las opciones.
En el Colegio hay una comunidad de Sacerdotes Jesuitas, quienes en un inicio cumplían la mayoría de las funciones directivas, docentes y de cuidado de los alumnos. En la actualidad la mayoría de estos servicios son llevados adelante por laicos, compartiendo con los jesuitas la animación pastoral y la inspiración ignaciana de la comunidad educativa.
Desde el año 1957, colaboró en la Primaria una comunidad religiosa de las Hermanas Misioneras del Sagrado Corazón de Jesús y de María. Originalmente las Hermanas llevaron la dirección del sector, pero luego quedaron encargadas de la animación pastoral y otros servicios de docencia y secretaría, dejando el Colegio en el año 2022 para radicarse en Montevideo.
A lo largo de esta historia, distintas generaciones de exalumnos valoran la formación recibida resaltando una impronta de servicio al prójimo, el conocimiento personal de los alumnos, así como la amistad, el deporte y el respeto a las normas de convivencia.
